Uniwersytet Jagielloński jest jedyną uczelnią z krajów Europy Środkowo-Wschodniej, która znalazła się w prestiżowym rankingu Europe's Most Innovative Universities 2018.
Listę 100 najbardziej innowacyjnych europejskich szkół wyższych, na podstawie analizy publikacji naukowych i danych patentowych z lat 2010-2016, po raz trzeci opracowała agencja Thomson Reuters. Publikacja poprzedzona była szczegółową analizą uczelni według wskaźników określających innowacyjność danej instytucji. Metodologia ta obejmuje m.in. liczbę patentów zarejestrowanych w Światowej Organizacji Własności Intelektualnej, stosunek zgłoszeń patentowych do dotacji, odsetek patentów o zasięgu międzynarodowym (zgłoszenie patentu w kilku krajach, szczególnie w USA czy Japonii wskazuje na wysoki potencjał wdrożeniowy wynalazku), całkowita liczba cytowań związanych z patentami, oraz wskaźnik dotyczący analizy wpływu patentu na dalszy rozwój badań.
Ważnym czynnikiem była także liczba artykułów dotyczących wynalazków , a także wskaźnik wspólnych artykułów naukowych jednostki przy współpracy z przemysłem.
Najlepszy okazał się Katolicki Uniwersytet w Leuven (Belgia), którego wydatki na badania naukowe w 2016 roku przekroczyły 460 milionów euro. Kolejne miejsca na podium zajęły uczelnie brytyjskie - Imperial College London i Uniwersytet Cambridge. W pierwszej "10" sklasyfikowano jeszcze ośrodki akademickie z Niemiec, Szwajcarii i Danii.
Uniwersytet Jagielloński w rankingu najbardziej innowacyjnych europejskich szkół wyższych jest nadal sklasyfikowany na 90. miejscu. Pozostaje jedyną uczelnią z Polski i Europy Środkowo-Wschodniej, która została zaliczona do tego prestiżowego grona. Obecność w nim to pośrednio wynik działalności Centrum Transferu Technologii CITTRU UJ, które odpowiada m.in. za zgłoszenia patentowe.